Canlıların herhangi bir grubunun sözde evrimsel öyküsüne ”filogeni ”denir. Filojeni olarak da bilinir. Evrim teorisine inanan bilim adamlarının, gruplar arasındaki akrabalık derecesini belirleme, her türün ya da grubun mümkün olan tüm yapısal benzerliklerini ve ayrılıklarını ortaya koyma ve geçmişteki sözde atalarını kademe kademe gösterme çabalarıdır. Evrimciler canlıların ortak bir atadan geldiği hakkında delil ararken, her türün ve grubun ait olduğu geçmiş atasına ulaşma ümidiyle çalışırlar. Bu tür yöntemlerle canlılar arasında varsaydıkları ata-torun ilişkilerini gösterebilmeyi amaçlarlar. Ayrıca canlılardaki birtakım benzerliklere dayanarak, tüm canlıları evrimsel soy ağacının üzerine çeşitli dallandırmalarla yerleştirmeye çalışırlar. Ancak tüm bunlar evrimcilerin ön kabullerinde dayanılarak yapılan hayali ve hiçbir bilimsel destek ve kanıt taşımayan çalışmalardır. 150 yıldır filogeni alanında yaptıkları çalışmalardan bilimsel bir sonuç çıkaramamışlardır.
Evrimciler canlılar arasında hayali bir filogeni diğer bir deyişle akrabalık ilişkisi kurmakta ve sonra da taksonamik grupları bu hayali ilişkiye göre bir sıraya oturtmaya çalışmaktadırlar. Ancak bu sıralama bir türlü söz konusu şemayla uyuşmamaktadır. Taksonomik sınıflamanın evrim teorisi tarafından asla açıklanamayan yönleri vardır.
Biyolojik sınıflandırma 18. Yüzyılda yaşamış olan ünlü İsveçli biyolog Carl Linnaeus tarafından geliştirilmiş bir yöntemdir. Bu yöntem içinde canlılar önce bitkiler, hayvanlar gibi temel alemlere, sonra omurgalılar, omurgasızlar gibi filumlara, sürüngen, memeli gibi alt sınflara ayrılırlar. Bu sınıflama içinde en gerçekçi sınıflama düzeyinin tür olduğu kabul edilir. Bir tür, benzer özelliklere sahip bulunan ve birbiriyle çifteşip döl verebilen canlılar olarak tanımlanır.
Evrim teorisi ise bu biyolojik sınıflandırmayı kendi iddiasına göre bir sıraya oturtmuştur. Teori, önce tek hücreli canlıların oluştuğunu, bunlardan omurgasız deniz canlılarının oluştuğunu, bunlardan omurgasız deniz canlılarının evrimleştiğini, sonra da sırasıyla balıkların, amfibileştiklerini iddia etmektedir. Aynı iddiaya göre sürüngenlerden de kuşlar ve memeliler iki ayrı kol olarak doğmuş ve bu evrim insana kadar devam etmiştir.
